On l’a deviné, maintenant c’est confirmé. Les tests antigéniques ne sont pas encore pris en compte dans le calcul des différents indicateurs liés au dépistage, qui sont artificiellement réduits. Le taux d’incidence réel est, par exemple, 10% plus élevé que ce qui est affiché aujourd’hui. Si cela atténue la baisse de l’épidémie observée sur les courbes des nouveaux cas ces derniers jours, cela reste bien réel.

Pour comprendre, il faut d’abord se rappeler ce que sont les tests antigéniques. Présentés comme une révolution essentielle pour tester davantage la population et permettre de contrôler l’épidémie de Covid-19, ils permettent de poser un diagnostic en seulement 15-30 minutes, au lieu de plusieurs jours avec un test RT-PCR. Ils sont utilisés en France depuis octobre, d’abord à titre expérimental (en maison de retraite par exemple) puis dans les pharmacies grand public. Sur 22 000 pharmacies implantées aux quatre coins du pays, 4 000 effectuent déjà des tests antigéniques et ce nombre pourrait passer à 10 000 dans les semaines à venir, selon les données fournies par Philippe Besset, président de la Fédération des syndicats pharmaceutiques de France.

Moins sensibles que la RT-PCR, les tests antigéniques sont principalement réservés aux personnes symptomatiques «dans un délai de 4 jours ou moins après l’apparition des symptômes» et non aux simples cas de contact. «L’idée est de détecter très rapidement, idéalement avant qu’il ne s’agisse d’individus très symptomatiques, fortement contaminants pour qu’ils s’isolent», explique le médecin généraliste Yvon Le Flohic.

Près de 290000 tests antigéniques en novembre

Pendant longtemps, il a été très compliqué de dresser un bilan, faute de données précises communiquées par les autorités. «Pour la première fois, nous comptons les résultats des tests antigéniques, qui s’élèvent à 32 935 tests positifs détectés depuis début novembre», a conclu lundi le directeur général de la santé, Jérôme Salomon. Mais il n’a pas fourni de détails temporels ou géographiques. La direction générale de la santé nous informe pour sa part que “depuis début novembre près de 290 000 tests d’antigènes ont été réalisés par des agents de santé habilités (médecins, pharmaciens, infirmiers)”.

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Comme souvent, c’est dans le point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France, publié tous les jeudis soirs, que nous avons découvert le plus d’informations. Celui publié le jeudi 19 novembre nous apprend qu’au total 35 812 cas positifs au test antigénique ont été identifiés le 18 novembre. Au cours de la semaine 46 (9-15 novembre), 182 783 nouveaux cas ont été enregistrés, dont 166 577 par RT-PCR. La différence donne donc 16 206 cas confirmés par des tests antigéniques, soit environ 10% de ceux par RT-PCR.

Comme mentionné, ces 10% ne sont pas pris en compte dans le taux d’incidence, correspondant au nombre de cas pour 100 000 habitants. Comme l’indique Santé publique France, au lieu d’avoir un taux de 248 tel qu’affiché dans sa base de données Géodes, il est en fait de 272. La différence est encore plus sensible dans certaines régions. En Île-de-France, qui regroupe 29% des cas confirmés par test antigénique à la semaine 46, l’incidence est sous-estimée de 19% (203 vs 241).

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Ce qui accentue artificiellement la baisse du nombre de nouveaux cas et donc du taux d’incidence. Cependant, comme l’écrit Santé publique France, «l’inclusion des tests antigéniques n’a pas changé la tendance générale qui reste à la baisse entre les semaines 45 et 46». En d’autres termes, et comme nous l’avons expliqué plus tôt lundi, le nombre réel de contaminations a en effet diminué depuis début novembre, mais un peu moins que les données indiquées.

“Un informatisé via crucis”

Nous expliquons maintenant pourquoi les tests antigéniques ne sont pas encore pris en compte dans le calcul de l’incidence. A partir du lundi 16 novembre, les pharmaciens doivent en théorie remplir eux-mêmes le dossier Si-Dep, qui comprend déjà tous les tests RT-PCR depuis mai dernier. Jusque-là, le test d’antigène n’était envisagé que dans un autre dossier, ContactCovid, utilisé par Medicare pour suivre les cas et leurs contacts. “Le traçage a eu lieu, aucun cas confirmé ne nous a échappé”, certifie une source au centre du dossier. L’assurance maladie a ensuite transmis le nombre de cas confirmés par le test antigénique à la santé publique française, qui l’a utilisé dans son bulletin épidémiologique.

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La saisie des résultats du test d’antigène dans Si-Dep s’avère être un gros casse-tête pour de nombreux pharmaciens. «Il s’agit d’un via crucis informatisé et il n’est pas si facile d’obtenir les bons identifiants», frappe Philippe Besset. Le président de la FSPF rapporte qu’en deux jours (lundi et mardi), seul un quart des pharmaciens qui effectuent des tests antigéniques ont eu accès à Si-Dep.

Pour cela, il faudra attendre un peu plus longtemps pour que les tests antigéniques soient exploités directement via Si-Dep. “Nous prendrons bientôt en compte ces tests antigéniques dans le calcul de tous les indicateurs les plus fins”, a indiqué le ministre de la Santé, Olivier Véran, ce jeudi soir lors d’une conférence de presse. Santé publique France indique que cela se produira “bientôt”, sans plus de détails. Même imprécision de la part de la direction générale de la santé, qui affirme que le ministère «s’appropriera bientôt, par un retraitement des données saisies dans SI-Dip, le nombre de tests antigéniques réalisés au niveau régional».

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“C’est un peu le bordel, on ne sait pas exactement où se situe l’épidémie à ce moment-là”, commente Yvon Le Flohic, qui officie dans les Côtes-d’Armor. Son département a la chance d’être relativement épargné par la deuxième vague, et les délais de validation des tests RT-PCR sont plus courts que dans les grandes métropoles. En conséquence, peu de tests antigéniques y sont encore effectués. «Nous étions moins pressés de commencer», sourit le médecin.

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