Le manque de changements de gants dans les centres de test COVID-19 en Belgique a entraîné une forte contamination croisée des échantillons et un taux élevé de résultats faussement positifs, selon une recherche présentée au Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID) à Lisbonne, au Portugal ( 23-26 avril) trouvé.

L’introduction des tests PCR à grande échelle pour le COVID-19 a présenté un certain nombre de défis logistiques, notamment la pénurie de personnel correctement formé pour effectuer un prélèvement nasopharyngé.

Des recherches menées par un laboratoire belge financé par le gouvernement ont identifié une manipulation inadéquate des EPI dans les centres de test comme une source de contamination croisée grave.

Des scientifiques de la plateforme fédérale COVID-19, UZ Leuven Department of Laboratory Medicine, Louvain, Belgique ont été alertés du problème en septembre 2021 lorsqu’ils ont remarqué que 70% des échantillons prélevés ce jour-là dans un centre de test du Brabant flamand, en Flandre, avait été testé positif au COVID-19. Le taux de positivité moyen à l’époque était d’environ 5 à 10 %.

Quatre-vingt-dix pour cent des échantillons positifs avaient une charge virale très faible, ce qui suggérait qu’ils étaient contaminés par le virus SARS-CoV-2, plutôt que d’être de vrais positifs.

Les résultats des patients ont été immédiatement suspendus et une analyse des causes profondes (une enquête sur la cause du pic d’échantillons positifs) a été effectuée.

Le chercheur principal Bram Slechten déclare : « Après avoir exclu la contamination du laboratoire, nous avons organisé les résultats de la journée par ordre chronologique en fonction du moment où l’échantillon a été prélevé.

« Nous avons vu que personne n’avait été testé négatif après qu’un échantillon ait été prélevé sur un patient avec une charge virale très élevée et nous avons immédiatement contacté le centre de test.

« Cela a conduit à l’absence de changement de gants, combiné à la collecte à grande vitesse de l’échantillon par un nouvel écouvillon et à la rupture d’un écouvillon dans le tube, identifiant la source probable de la contamination.

«Les protocoles de ce centre de test ont été affinés du jour au lendemain et tous les patients dont les résultats ont été retenus ont été rappelés pour un nouvel échantillon le lendemain. 100% d’entre eux étaient négatifs ».

Pour évaluer l’étendue du problème, Slechten et ses collègues ont ensuite vérifié rétrospectivement quatre mois de résultats de test PCR (juin-septembre 2021) de 11 centres de test faussement positifs.

Une série d’échantillons contaminés suspects a été définie comme un minimum de trois échantillons faiblement positifs (faible charge virale, < 10⁴ copie ARN/mL) après un échantillon positif avec une charge virale élevée (> 10⁶ copie ARN/mL).

Ils ont également visité les sites pour évaluer le personnel.

L’analyse a identifié des événements potentiels de contamination croisée dans 73 % (8/11) des sites de test. Le pourcentage d’échantillons suspectés d’être déclarés positifs à tort variait considérablement selon le jour et le centre. La moyenne sur quatre mois variait de 0 % à 3,4 % par site de test.

Le plus grand nombre de faux positifs dans un centre de test en une seule journée était de 77 (sur 382 tests) – 20 % des personnes testées ce jour-là. (Tous ces patients ont eu la possibilité de refaire le test.)

Les visites sur place ont identifié le manque de changement de gants chez les patients comme une source de contamination croisée.

« Si le personnel ne changeait pas de gants entre chaque patient, il était presque certain qu’une contamination se produirait », explique Slechten. « Nous avons identifié quatre raisons pour lesquelles le changement de gants n’a pas eu lieu : ce n’était tout simplement pas dans le protocole ; un protocole correct était en place mais n’a pas été suivi en raison du manque de formation des nouveaux membres du personnel ; ne pas avoir la bonne taille de gant disponible ; pression de travail, certains écouvillons devaient prendre un patient toutes les deux minutes ».

Des politiques plus strictes en matière de DPI ont été mises en place dans les 11 centres de test depuis fin octobre 2021, en réponse aux conclusions de l’étude.

Cela impliquait que les responsables informent tous les membres du personnel qui tamponnaient les patients de l’importance de changer de gants et de contacter les centres de test en cas de pic de leur taux de faux positifs.

Un suivi du centre de test a révélé l’impact. Avant la chirurgie, elle avait un taux de positivité quotidien de 11 % et un taux moyen de fausses positivités de 3,4 %. Mais occasionnellement, le taux de faux positifs atteignait 20 %. Après la chirurgie, le taux de faux positifs est tombé à presque zéro.

L’équipe de l’UZ-Leuven continue de surveiller les taux de faux positifs pour détecter tout événement isolé de contamination croisée.

De plus, Sciensano (l’institut scientifique belge de santé publique) a alerté tous les laboratoires belges du problème en octobre 2021.

Les chercheurs affirment que la plupart des cas de contamination croisée ont été détectés à temps pour masquer les résultats et rappeler les patients, ce qui signifie que des résultats incorrects n’ont pas été fournis. Certains cas, cependant, n’ont pas été détectés, ce qui signifie qu’en quelques jours, de nombreux patients ont reçu un mauvais résultat.

M. Slechten déclare : « Le prélèvement nasopharyngé implique un contact étroit entre la main du professionnel de la santé, le patient et le tube. Il est donc indispensable de changer de gants entre chaque patient.

« Dans le cadre du prélèvement à haut débit, un personnel insuffisamment formé devait prélever un grand nombre de patients dans un temps limité. Cette situation a conduit à un niveau élevé de contamination croisée qui était resté largement méconnu, entraînant des faux positifs et des personnes s’isolant et s’absentant inutilement du travail.

« De plus, chaque faux positif génère des contacts à haut risque qui peuvent également devoir être testés, ce qui augmente le fardeau pour les laboratoires, les centres de test et la recherche des contacts. »

Il pense que les faux positifs ont artificiellement gonflé le nombre de cas de COVID-19 pour la Belgique. Il précise : « Il est cependant difficile de donner un chiffre, car nous avons constaté de nombreuses différences entre les centres de test que nous avons étudiés. De plus, nous n’avons examiné que les centres de test dans une partie de la Belgique, ce qui rend difficile d’obtenir une image complète.

« Il est très probable que cela se soit également produit dans d’autres pays.

« Bien que je n’aie pas une connaissance détaillée des protocoles dans les centres de test dans d’autres pays, l’accent est généralement mis sur les événements potentiels dans l’environnement du laboratoire. Cependant, nos recherches illustrent parfaitement l’importance de regarder au-delà du laboratoire et de garder un œil sur l’ensemble de la chaîne de test. »