Les scanners de métro découvrent la forêt microbienne – et des milliers de nouvelles espèces

Des équipes de chercheurs et de bénévoles se sont dispersées dans les systèmes de transport en commun de 60 villes, collectant des milliers d’échantillons de 2015 à 2017. Ils ont étudié une variété de surfaces, y compris des tourniquets, des balustrades, des guichets et des sièges à l’intérieur des stations de transport en commun et des wagons de métro. (Dans les quelques villes sans métro, les équipes se sont concentrées sur le système de bus ou de train.)

Les missions des scientifiques pour prélever des carottes ont souvent attiré l’attention. Certains passagers sont devenus si curieux qu’ils ont rejoint le corps des volontaires, tandis que d’autres ont insisté sur le fait qu’ils ne voulaient jamais savoir ce qui vivait dans les poteaux du métro. Parfois, les passagers comprennent mal ce que les chercheurs faisaient avec leurs minuscules frottis. «L’un des hommes nous a remerciés à l’excès pour le nettoyage du métro», a déclaré le Dr Mason.

Les chercheurs ont également prélevé des échantillons d’air dans les systèmes de transport de six villes – New York, Denver, Londres, Oslo, Stockholm et Hong Kong – pour obtenir un document d’accompagnement sur le «microbiome atmosphérique Il a été publié mercredi dans Microbiome.

«C’est énorme», a déclaré Erica Hartman, microbiologiste à l’Université Northwestern qui n’a pas participé à l’étude. « Le nombre d’échantillons et la diversité géographique des échantillons – c’est sans précédent. »

Ensuite, l’équipe a extrait et séquencé l’ADN de chaque échantillon pour déterminer quelles espèces il contenait. Au total, sur tous les échantillons de surface, ils ont trouvé 4 246 types connus de micro-organismes. Les deux tiers de ces bactéries étaient des bactéries et le reste était un mélange de champignons, de virus et d’autres types de microbes.

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Mais ce n’était que le début: ils ont également trouvé 10 928 virus et 748 types de bactéries qui n’avaient jamais été documentés. «Nous pouvons voir que ce sont de vrais – ce sont des micro-organismes – mais ils ne sont nulle part dans aucune base de données», Daniela Bezdan, ancienne PDG de MetaSUB, qui est maintenant chercheuse assistante à l’hôpital universitaire de Tübingen, en Allemagne, a déclaré.

Les experts ont déclaré que la grande majorité de ces organismes poserait un petit risque pour les humains. Presque tous les nouveaux virus trouvés, a déclaré le Dr Danco, étaient probablement des phages ou des virus infectant les bactéries. De plus, la séquence génétique ne peut pas faire la distinction entre les organismes morts et vivants, et il n’y a pas d’environnement stérile. En fait, notre corps dépend d’une communauté de microbes riche et dynamique pour fonctionner correctement.

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