Le taux de reproduction du coronavirus (R efficace, R0) nous permet de voir si l’épidémie de Covid-19 régresse ou progresse. Alors que l’endiguement a commencé il y a deux semaines en France, où en est-il aujourd’hui? Comment est-il calculé? Explications, courbes et figures par région.

[Mise à jour le jeudi 12 novembre à 12h21] R0 (ou R réel) désigne le taux de reproduction d’un virus. Ça concerne nombre moyen de nouveaux cas causés par une personne infectée dans une population sans immunité. Il prend en compte plusieurs indicateurs (tests positifs, hospitalisations ou visites aux urgences). Les deux à surveiller en particulier sont les hospitalisations et les urgences. À partir du 11 novembre, deux semaines après le début de l’accouchement, deuxième données gouvernementales, le R0 du coronavirus lié aux visites aux urgences et de 0,93, dans laissez tomber donc (il était de 1,14 le 4 novembre) et surtout en dessous du seuil de 1. Pour bien comprendre il faut savoir qu’un taux supérieur à 1 signifie qu’une personne infectée contamine en moyenne plus qu’une autre et donc que l’épidémie progresse. Dans quels départements le virus circule-t-il particulièrement? Lequel est R0 ? Le R efficace ? Comment est-il calculé? Quel est son taux national? Et dans toutes les régions de France? Explications.

Être capable de quantifier la capacité de transmission d’un virus lors d’une épidémie est essentiel pour mettre en place des mesures au bon moment pour l’arrêter (surtout lorsqu’il n’y a pas de traitement ou de vaccin comme dans le cas du Covid-19). Cette capacité appelée «transmissibilité» est mesurée par le Numéro de reproduction du virus R, également appelé «taux de reproduction», c’est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires causés par une seule personne infectée pendant sa période contagieuse. Il faut donc distinguer:

  • le nombre de reproductions du virus pendant la crise épidémique: le “R efficace” (celle donnée par les autorités sanitaires françaises depuis juin)
  • du numéro d’élevage initial au début du foyer qui a été appelé “R0”.
Propagation du virus lorsque R est supérieur à 1 © Ministère de la Santé

L’objectif des efforts de contrôle est de réduire R en dessous de la valeur seuil de 1 et aussi près que possible de 0, permettant ainsi de maîtriser une épidémie.“a expliqué Anne Cori dans un article de l’American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant la livraison à 3 ou plus. Pour le même virus, R0 peut varier d’une population à une autre en fonction de la densité de la population, de la sensibilité et d’autres facteurs.

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Confronter : le R0 de la grippe en France a été réduit à moins de 1 grâce à la politique de vaccination qui immunise une partie de la population. le OU pour la rougeole, il est de 16. le Le SRAS OR en 2003 était de 3 et il a été réduit à 0,5 ce qui a permis d’arrêter l’épidémie.

Le R0 (taux de reproduction du virus initial) est calculé à partir d’une population totalement sensible à l’infection (c’est-à-dire qui n’a pas encore été vaccinée ou immunisée contre un agent infectieux). C’est le produit de trois facteurs: R0 = ßcD.

  • ß = risque de contracter le virus lors du contact (d’où le respect d’une distance sociale d’au moins 1 mètre recommandé pour le moment),
  • c = le nombre de contacts dans une unité de temps : si nous réduisons le nombre de contacts de moitié, nous réduisons R0 Moitié.
  • D = le nombre de jours pendant lesquels une personne infectée est contagieuse (jusqu’à 14 jours pour le coronavirus).

Il existe donc plusieurs méthodes pour estimer le R. réel. En France, c’est le Méthode de Cori (du nom d’Anne Cori, chercheuse à l’Imperial College de Londres, spécialisée dans les maladies infectieuses) qui a été choisie comme Santé publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut être calculé à partir de plusieurs indicateurs.

  • le Reff calculé à partir du nombre de cas confirmés en France (données virologiques, SI-DEP)
  • le Reff calculé à partir des données des visites d’urgence (OSCOUR®)
  • à partir du 24 septembre, le R réel calculé à partir des données d’hospitalisation pour les cas de COVID-19 (données SI-VIC)

→ Le R réel est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines plus tôt (y compris le temps entre la contamination et le test et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

• Si R> 1, l’épidémie se développe.

• Si R <1, l'épidémie est en déclin.

Le calcul de R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l’épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé n’a cessé de répéter que l’objectif est que le taux de reproduction du virus passe en dessous de 1. Le “1” est donc le point de contrôle. Un R supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l’épidémie progresse. Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d’environ 2 semaines.

  • 1
  • R> 1,5: seuil d’avertissement

Les taux de reproduction calculés à partir des visites aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité dans les semaines à venir.

Depuis fin juin, nous observons une augmentation marquée du taux de reproduction. Les estimations du nombre de reproductions hebdomadaires sont basées sur le nombre de tests PCR positifs pour le SRAS-COV-2, sur les visites aux urgences pour COVID-19 suspecté et les hospitalisations. Le 11 novembre, deux semaines après le début de la accouchement en France, le taux R basé sur les visites d’urgence a augmenté en dessous du seuil de 1 pour s’établir à 0,93 selon le site de données du gouvernement (il était de 1,30 pour la semaine du 18 au 24 octobre). Les taux de reproduction calculés à partir des visites aux urgences et des hospitalisations sont ceux suivis en priorité par le gouvernement.

► À partir du 5 novembre, le R calculé par données d’hospitalisation est nettement supérieur à 1: 1,31, estimation en augmentant par rapport à celle de la semaine précédente (1,42), entre le 19 et le 25 octobre.

► Au 11 novembre, le R calculé à partir des données de visites d’urgence c’est à 0,93 (1.14 4 novembre).

Courbe R0 en France du 15 mars au 1er novembre 2020
Courbe R0 en France du 15 mars au 1er novembre 2020 © Santé publique France

Courbe R en France le 11 novembre (nombre moyen de personnes infectées par chaque personne Covid-19 sur la base des données des urgences)

taux r0 france covid
Courbe d’évolution du nombre réel de reproduction du coronavirus Sars-CoV-2 sur la base des visites aux urgences jusqu’au 11 novembre. © Gouvernement.fr

Pour rappel : 15 mars 2020, peu avant l’emprisonnement de la France et le pic de l’épidémie, le R0 réel avait été estimé à 2.8. Puis il est allé à 0,8 la 11 mai 2020, au début de la baisse et était tombé à 0,73 selon le rapport de Santé publique France du 11 juin. Il était à 1,14 le 4 novembre, une semaine après le début du deuxième bloc.

Selon le dernier bulletin épidémiologique de Santé publique France, publié les 5 novembre et 31 octobre, les taux de reproduction les plus élevés ont été observés dans le Grand Est (1,56), le Bourgogne-Franche-Comté (1,54), le Centre-Val-de-Loire (1.49) et le Réunion (1,44).

En France métropolitaine: à partir du 31 octobre:

Les estimations de R-efficacité des deux sources de données (admissions SI-VIC et passages OSCOUR®) sont significativement supérieures à 1 sur toutes les zones métropolitaines, sauf de Corse pour les visites d’urgence OSCOUR® (estimation de la réintégration du personnel supérieure à 1 mais non significative)

Étranger, l’estimation R-effective est significativement supérieure à 1 à La Réunion à partir des passages OSCOUR® (Tableau 4). L’estimation est supérieure à 1 mais n’est pas basée de manière significative sur les admissions SI-VIC. L’estimation de l’effectif R est supérieure à 1 mais pas significativement en Guyane d’après OSCOUR® et SIVIC, en Martinique depuis SI-VIC et à Mayotte depuis SI-VIC.

Nombre de reproductions efficaces (R-efficaces) à partir de tests PCR SARS-CoV-2 positifs, de visites d’urgence suspectées COVID-19 et d’hospitalisations COVID-19 par région, France métropolitaine et ultra-marine, 7 jours consécutifs (à partir de 25 au 31 octobre 2020 pour OSCOUR®, du 26 octobre au 1er novembre pour SI-VIC) (Sources: OSCOUR® et SI-VIC)

R0 par région en France au 31 octobre
Nombre réel de reproduction (R-efficace) par région au 31 octobre © Santé publique France

Le taux de reproduction n’est qu’un indicateur et, comme tous les indicateurs, il ne doit pas être considéré seul. En effet, ce nombre de reproductions de virus varie dans le temps et dans l’espace. Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l’évolution de l’épidémie de coronavirus en France à partir de la baisse. “Dès qu’un seuil (vigilance et / ou alerte) est dépassé, une analyse approfondie des risques est initiée afin d’identifier les causes du signal et déclencher une alarme si cela s’avère nécessaire” explique le ministère de la Santé dans un Communiqué de presse du 8 juillet.

→ L’incidence de l’épidémie, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées en une semaine pour 100000 habitants: estimé sur la base du nombre de tests RT-PCR positifs (tests effectués dans le nez). Si le chiffre est compris entre 10 et 50: seuil d’alarme. S’il est supérieur à 50: seuil de vigilance.

Carte d'incidence de la France
Carte montrant le taux d’incidence du Sars-CoV-2 en France au 4 novembre. © Gouvernement.fr

→ Le taux d’occupation des lits en USI par les patients COVID par rapport à la capacité initiale de l’USI

Tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d’occupation des lits de réanimation par les patients COVID-19, par rapport à la capacité initiale des lits de réanimation, par région: si le taux augmente entre 40 et 60% seuil de supervision. S’il dépasse 60%, c’est le seuil d’avertissement.

→ Le nombre de tests virologiques positifs pour Covid-19 pour 100000 habitants par semaine

Depuis juillet, tous les Français, qu’ils présentent ou non des symptômes évocateurs de Covid-19, qu’ils aient ou non une ordonnance, peuvent se faire dépister. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque service est un indicateur: si le taux est compris entre 5 et 10%: seuil d’alerte. S’il est supérieur à 10%: seuil d’avertissement.