"C'était ma meilleure amie" : il a utilisé l'intelligence artificielle pour lutter contre la mort de son chien -

Soyons honnêtes : si quelqu’un m’avait dit il y a deux ans que ChatGPT sert d’assistant pour manipuler les séquences d’ARN messager, je ne l’aurais pas forcément cru.

Mais l’histoire de Paul Cunningham et de sa chienne Rosie en Australie nous oblige à regarder la vérité en face.

Rosie, une chienne adoptée dans un refuge, souffrait d'un mastocytome avancé.Le diagnostic ?Quelques mois à vivre.Les traitements conventionnels ne fonctionnaient plus.C’est là que Conyngham, ingénieur mais totalement ignorant de la biologie, décide de prendre les choses en main.Il n'a pas "demandé à ChatGPT de soigner son chien", il l'a utilisée comme experte en génomique.

Les ingénieurs ont utilisé l’IA pour traiter des gigaoctets de données génétiques, identifier les mutations et créer des vaccins.Et nous vous donnerons les résultats avant la fin de l'article : des injections individuelles ont permis à Rosie de courir à nouveau, alors qu'elle était à l'article de la mort en décembre dernier.Cependant, elle n’a pas fini.

Le pipeline technique : de la donnée à la seringue

La première étape consistait à transformer Rosie en « données ».Paul a fait déterminer l'ADN d'une tumeur et de tissus sains au Centre Ramaciotti de génomique de l'Université de Nouvelle-Galles du Sud (UNSW).Coût d'exploitation : environ 3 000 A$ (environ 1 800 $).

Pour comparer des séquences et découvrir des mutations, Paul Conyngham a utilisé des algorithmes de traitement de données et AlphaFold, l'IA de DeepMind spécialisée dans le repliement des protéines.L'objectif était de comprendre comment le système immunitaire pouvait cibler la structure des protéines mutées dans la tumeur de Rosie.ChatGPT lui a fait office d'intermédiaire, l'a aidé à structurer ses recherches et à rédiger des spécifications techniques ultra précises à destination des chercheurs.

Le problème est que « la science n’est rien sans la logistique ».Lorsqu'une société pharmaceutique lui refuse un traitement expérimental, Paul utilise l'IA pour synthétiser ses découvertes dans une fiche technique d'une demi-page.C’est ce document qui a convaincu l’UNSW RNA Institute de développer un vaccin à ARN messager.C’est la première fois qu’une telle approche est utilisée en médecine vétérinaire.

Miracles, limites et « bureaucratie »

Il ne suffit pas d’avoir le vaccin dans le flacon pour l’administrer.Paul Coningham a dû faire face à ce qu'il appelle la « bureaucratie », ou la bureaucratie éthique.Il a passé trois mois et deux heures chaque nuit à rédiger un dossier d'approbation éthique de 100 pages pour pouvoir bénéficier du traitement.L’intelligence artificielle l’a aidé dans cette tâche ingrate de rédaction administrative.

Aujourd'hui, la tumeur primitive de Rosie a diminué de 50 à 75 %.Elle a retrouvé son énergie.Mais Palli Þórðarson, chercheur impliqué dans le projet, se montre prudent à propos de X : "Cela n'a peut-être pas guéri Rosie, cela a certainement fait gagner du temps."Toutes les tumeurs n’ont pas répondu de la même manière et il n’existe pas de groupe témoin.

Si un ingénieur peut tester un vaccin personnalisé en quelques mois, qu’est-ce que cela signifie pour la médecine humaine ?Demis Hasbis (DeepMind) et Greg Brockman (OpenAI) n'avaient pas tort : c'est pour eux le début d'une « biologie numérique » accessible.

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